马来亚基督教会于1949年7月2日开始第一次的聚会，本属客家人的聚会，教会名称：“基督教客音礼拜堂”。
1951年购得现址，并于1959年将现在礼拜堂建成，教会改名为“马来亚基督教会”，其意义乃不受地方方言限制，并扩大传福音的范围至全马来亚（当时新加坡还没有独立）。
在1975年成立差传部，将传福音的异象扩大至全世界。
被市区重建局列为受保留建筑。